Le vaudois Pierre Viret
Un autre personnage, à l'opposé de Michel Servet, fidèle ami et disciple de Jean Calvin, est le Vaudois Pierre Viret (1511-1571). Né à Orbe, prés de Lausanne, de milieu aisé, il est destiné à la prêtrise et, à partir de 1528, fait ses études à Paris. Travailleur et exigeant, confronté à une diversité de pensée, il prend la décision de quitter l'Église. De retour à Lausanne en 1531, après avoir entendu une prédication de Guillaume Farel, son adhésion à la Réforme est acquise. Il voyage, prêche à Neuchâtel, Payerne, se rend à Genève où il rencontre souvent Calvin qui lui fait confiance et accepte que Viret le remplace lors de ses absences, notamment lorsqu'il sera à Strasbourg. Puis il s'installe à Lausanne, les bernois le trouvent trop rigoureux et l'obligent à partir. Il retourne donc à Genève où il sera mieux apprécié et où il sera d'ailleurs reçu "bourgeois". Alors qu'il est à Genève, Pierre Viret est invité à se rendre dans le sud de la France: il quitte Genève et arrive à Nîmes en octobre puis il est à Montpellier en janvier 1562. En mai de cette même année, il se rend à Lyon où il va séjourner plusieurs mois.
Les années 1561-1565 sont en France des périodes difficiles où les conflits entre les deux religions s'aggravent, années ponctuées par le colloque de Poissy en 1561, les premiers troubles des premières guerres de religion (1562-1563), les premiers édits qui seront des trêves entre les guerres. Il s'agit alors pour Viret de faire preuve à la fois d'autorité et de prudence dans un royaume où seule le catholicisme fait loi, dans ses déplacements lorsqu'il prêchera et étant, en outre, dans un mauvais état de santé quasi constant. En 1563-1564, il est à Lyon mais en est expulsé sur ordre du roi Charles IX: ce dernier s'y trouve en effet lors du grand tour du royaume que sa mère, Catherine de Médicis, avait organisé, pour, d'une part, présenter le jeune roi à ses sujets, et d'autre part rencontrer nobles, catholiques, protestants.
Viret se rend donc en Dauphiné, puis de nouveau à Orange en 1565 et encore à Montpellier pour consulter des médecins, mais il en est également expulsé. C'est alors qu'il répond à l'invitation de Jeanne d'Albret qui l'avait rencontré à Lyon et qui souhaitait un pasteur à Pau. Pierre Viret arrive donc en Béarn en mars 1567 avec son épouse Sébastienne Laharpe et leur fille. La famille s'installe à Pau qu'elle ne quittera plus, entourée de respect et d'affection, et où le père retrouve d'anciens étudiants de l'Académie de Genève, envoyés par Calvin. Pierre Viret aura désormais une existence matériellement assurée, une situation privilégiée, jusqu'à ce que la guerre rattrape son histoire. Catholiques et protestants se déchirent en Béarn; en avril 1569, Pau se rend, Viret est arrêté, emprisonné, et tout le temps de sa détention qui durera deux ans, il saura réconforter ses compagnons d'infortune. Il fait partie des otages qui ne seront relâchés que lorsque Pau sera libéré par les troupes protestantes.
Début 1571, Pierre Viret rédige son testament en béarnais et le malade toujours plus affaibli meurt en avril de cette année. Il laisse derrière lui une tradition de courage, de travail et de pondération mêlée de belle énergie. Pierre Viret a été le modérateur de synodes béarnais de 1567 à 1570. Particulièrement attaché à la discipline ecclésiastique, il est attentif à la prédication et à la communion pour laquelle il partage l'idée de l'excommunication pour le respect de la Parole de Dieu et du ministère. Les pasteurs d'ailleurs, à Pau comme à Genève, sont surveillés et doivent présenter toute garantie de moralité.
Viret est également attaché aux questions de langues. Il a encouragé la traduction des psaumes en béarnais et celle du Nouveau Testament en basque. Il a su comprendre l'importance de l'identité régionale, tout en restant pasteur du plus grand nombre, et proche de Jeanne d'Albret. Si Pierre Viret a aidé Calvin en Suisse romande, il a aussi défendu la Réforme dans le sud-ouest du royaume. Bucer ne se plaisait-il pas à évoquer le "triumvirat" de la Réforme francophone — Jean Calvin, Guillaume Farel et Pierre Viret —? tous trois différents, complémentaires, et particulièrement en accord sur les doctrines calvinistes.